- a -

• A : gsmt::Clusterer
• A1 : gsmt::Clusterer
• a1 : gsmt::XAlign
• A2 : gsmt::Clusterer
• a2 : gsmt::XAlign
• algnLen : gsmt::XAlign
• alignKey : gsmt::XTAlign
• alpha1 : gsmt::XAlign
• alpha2 : gsmt::XAlign

- b -

• bckg : gsmt::Viewer

- c -

• C : gsmt::SegCluster
• c1 : gsmt::Dynam , gsmt::Superposition
• c10 : gsmt::Refiner
• c2 : gsmt::Dynam , gsmt::Superposition
• c20 : gsmt::Refiner
• cdist : gsmt::Refiner
• chainID : gsmt::Hit
• chID1 : gsmt::XTAlign
• chID2 : gsmt::XTAlign
• cix : gsmt::Refiner
• Cluster : gsmt::Clusterer
• clustTol2 : gsmt::Clusterer
• contact : gsmt::Refiner

- d -

• d1 : gsmt::XAlign
• D1 : gsmt::Clusterer
• D2 : gsmt::Clusterer
• DA : gsmt::Refiner
• deltaRT : gsmt::Refiner
• dist : gsmt::XTAlign
• dist1 : gsmt::Superposition

- f -

• fileName : gsmt::Hit
• filterTol2 : gsmt::Clusterer

- h -

• hits : gsmt::ScanArchive
• hydropathy1 : gsmt::XTAlign
• hydropathy2 : gsmt::XTAlign

- i -

• i1 : gsmt::XBlock
• i2 : gsmt::XBlock
• icol : gsmt::XBlock
• id : gsmt::SegCluster
• insCode1 : gsmt::XTAlign
• insCode2 : gsmt::XTAlign
• ip1 : gsmt::XBlock
• ip2 : gsmt::XBlock
• iterMax : gsmt::Refiner

- j -

• jmol : gsmt::Viewer

- k -

• kix : gsmt::SortPairs

- l -

• loopNo : gsmt::XTAlign

- m -

• M : gsmt::Structure
• M1 : gsmt::Refiner
• maxClustRefine : gsmt::Refiner
• maxCont2 : gsmt::Dynam
• maxContact : gsmt::Refiner
• maxdist : gsmt::XAlign
• mc : gsmt::XBlock
• mc1 : gsmt::SegCluster
• mc2 : gsmt::SegCluster
• mi : gsmt::Dynam
• minMatch : gsmt::Clusterer
• minMatch1 : gsmt::Clusterer
• minMatch2 : gsmt::Clusterer
• minSegLen : gsmt::Clusterer

- n -

• n : gsmt::SegCluster
• n1 : gsmt::Dynam
• n2 : gsmt::Dynam
• na1 : gsmt::XAlign
• na2 : gsmt::XAlign
• Nalgn : gsmt::Hit , gsmt::Superposition
• natoms1 : gsmt::Clusterer
• natoms2 : gsmt::Clusterer
• nBlock1 : gsmt::XAlign
• nBlock2 : gsmt::XAlign
• nClusters : gsmt::Clusterer
• nCols1 : gsmt::XAlign
• nCols2 : gsmt::XAlign
• nHits : gsmt::ScanArchive
• nRes : gsmt::Hit
• nRows : gsmt::XAlign
• nSegs : gsmt::SegCluster

- p -

• pdbCode : gsmt::Hit
• pruneSegGap : gsmt::Clusterer
• pruneSegLen : gsmt::Clusterer

- q -

• Q : gsmt::Hit , gsmt::SegCluster , gsmt::Superposition
• QR0 : gsmt::Clusterer
• QSP : gsmt::Refiner

- r -

• R : gsmt::XAlignText , gsmt::Structure
• radius2 : gsmt::Refiner
• rasmol : gsmt::Viewer
• refineDepth : gsmt::Refiner
• resName1 : gsmt::XTAlign
• resName2 : gsmt::XTAlign
• rmsd : gsmt::Superposition , gsmt::Hit
• rmsd2 : gsmt::SegCluster
• RV1 : gsmt::Clusterer

- s -

• SD : gsmt::SegCluster
• seg1 : gsmt::SegCluster
• seg2 : gsmt::SegCluster
• segn : gsmt::SegCluster
• segTol : gsmt::Clusterer
• selAHnd : gsmt::Structure
• selDHnd : gsmt::Structure
• selRHnd : gsmt::Structure
• seqId : gsmt::Hit , gsmt::Superposition
• seqNum1 : gsmt::XTAlign
• seqNum2 : gsmt::XTAlign
• sid : gsmt::Clusterer
• simindex : gsmt::XTAlign
• sseType1 : gsmt::XTAlign
• sseType2 : gsmt::XTAlign

- t -

• T : gsmt::SegCluster , gsmt::Superposition

- u -

• U : gsmt::Clusterer

- v -

• V : gsmt::Clusterer , gsmt::Dynam
• viewer : gsmt::Viewer

- w -

• W : gsmt::Clusterer

- x -

• x2 : gsmt::Refiner
• XBlock1 : gsmt::XAlign
• XBlock2 : gsmt::XAlign
• xc : gsmt::Structure

- y -

• y2 : gsmt::Refiner
• yc : gsmt::Structure

- z -

• z2 : gsmt::Refiner
• zc : gsmt::Structure