- a -

• addSegment() : gsmt::Clusterer
• AddSegment() : gsmt::SegCluster
• Align() : gsmt::Dynam , gsmt::XAlign , gsmt::Dynam , gsmt::Aligner
• Aligner() : gsmt::Aligner
• alignXBlocks() : gsmt::XAlign

- b -

• Backtrace() : gsmt::Dynam
• BuildPathTable() : gsmt::Dynam

- c -

• calcMassCenters() : gsmt::Clusterer
• CalcScores() : gsmt::Dynam
• checkAndAdd() : gsmt::Clusterer
• checkHitsBuffer() : gsmt::ScanArchive
• checkRTMatrix() : gsmt::Refiner
• Clusterer() : gsmt::Clusterer
• Compare() : gsmt::SortClusters , gsmt::SortPairs
• customFree() : gsmt::XAlignText
• customInit() : gsmt::XAlignText , gsmt::XAlign

- d -

• deleteHits() : gsmt::ScanArchive
• deselectAltLocs() : gsmt::Structure
• Download() : gsmt::Viewer
• Dynam() : gsmt::Dynam

- f -

• FreeClusters() : gsmt::Clusterer
• FreeMemory() : gsmt::Aligner , gsmt::Dynam , gsmt::SegCluster , gsmt::Viewer , gsmt::Superposition , gsmt::Structure , gsmt::XAlign , gsmt::ScanArchive , gsmt::Refiner , gsmt::Clusterer
• FreeRefMemory() : gsmt::Refiner
• FreeSuperposition() : gsmt::SegCluster
• FreeSupMemory() : gsmt::Clusterer

- g -

• getAlignment() : gsmt::Dynam
• GetAlignment() : gsmt::SegCluster
• GetAlignments() : gsmt::XAlignText
• GetBestMatch() : gsmt::Aligner
• getCalphas() : gsmt::Structure
• getChainRes() : gsmt::Structure
• GetDMatMemory() : gsmt::Clusterer
• getDomainSel() : gsmt::Structure
• getERadius() : gsmt::Structure
• getErrDesc() : gsmt::Structure
• GetMatch() : gsmt::Aligner
• GetMemory() : gsmt::Dynam
• getMMDBManager() : gsmt::Structure
• getNCalphas() : gsmt::Structure
• GetNCols2() : gsmt::XAlign
• GetR0() : gsmt::Clusterer
• getRadius() : gsmt::Structure
• getRMSD2() : gsmt::SegCluster
• GetSeedAlignment() : gsmt::Aligner
• getStructure() : gsmt::Structure
• GetSupMemory() : gsmt::Clusterer
• GetTextRows() : gsmt::XAlignText

- h -

• Hit() : gsmt::Hit

- i -

• InitClass() : gsmt::Aligner , gsmt::Clusterer , gsmt::Refiner , gsmt::Viewer , gsmt::Structure , gsmt::SegCluster , gsmt::ScanArchive , gsmt::Dynam
• isRotoinversion() : gsmt::Clusterer
• isSuperposable() : gsmt::SegCluster

- l -

• launchViewer() : gsmt::Viewer

- m -

• makeRow() : gsmt::XAlign , gsmt::XAlignText
• makeSegClusters() : gsmt::Clusterer
• makeXBlocks() : gsmt::XAlign

- p -

• Print() : gsmt::XTAlign
• PrintAlignTable() : gsmt::Aligner
• printClusterData() : gsmt::Refiner
• pruneClusters() : gsmt::Clusterer

- r -

• read() : gsmt::Aligner , gsmt::Clusterer , gsmt::Structure , gsmt::Refiner
• Refine() : gsmt::Refiner
• RefineCluster() : gsmt::Refiner
• Refiner() : gsmt::Refiner
• Reset() : gsmt::SegCluster

- s -

• ScanArchive() : gsmt::ScanArchive
• scanArchive() : gsmt::ScanArchive
• SegCluster() : gsmt::SegCluster
• SelectCalphas() : gsmt::Structure
• SelectCalphas1() : gsmt::Structure
• setBackgroundMode() : gsmt::Viewer
• setJMolPath() : gsmt::Viewer
• SetPerformanceLevel() : gsmt::Aligner
• SetR0() : gsmt::Clusterer
• setRasmolPath() : gsmt::Viewer
• SetSimilarityThresholds() : gsmt::Aligner
• SetSuperposition() : gsmt::SegCluster
• setViewerType() : gsmt::Viewer
• Sort() : gsmt::SortPairs , gsmt::SortClusters
• SortClusters() : gsmt::SortClusters
• SortPairs() : gsmt::SortPairs
• Structure() : gsmt::Structure
• Superpose() : gsmt::Refiner
• Superposition() : gsmt::Superposition
• Swap() : gsmt::SortClusters , gsmt::SortPairs

- v -

• View() : gsmt::Viewer
• Viewer() : gsmt::Viewer

- w -

• WipeTextRows() : gsmt::XAlignText
• write() : gsmt::Aligner , gsmt::Refiner , gsmt::Structure , gsmt::Clusterer
• writeHits() : gsmt::ScanArchive
• writeSuperposition() : gsmt::Viewer

- x -

• XAlign() : gsmt::XAlign
• XAlignText() : gsmt::XAlignText

- ~ -

• ~Aligner() : gsmt::Aligner
• ~Clusterer() : gsmt::Clusterer
• ~Dynam() : gsmt::Dynam
• ~Hit() : gsmt::Hit
• ~Refiner() : gsmt::Refiner
• ~ScanArchive() : gsmt::ScanArchive
• ~SegCluster() : gsmt::SegCluster
• ~SortClusters() : gsmt::SortClusters
• ~SortPairs() : gsmt::SortPairs
• ~Structure() : gsmt::Structure
• ~Superposition() : gsmt::Superposition
• ~Viewer() : gsmt::Viewer
• ~XAlign() : gsmt::XAlign
• ~XAlignText() : gsmt::XAlignText